マットからコーディに、メッセージが届（とど）いた──「助けてくれ！　はめられた！」。
学校の前庭に設置（せっち）されたマスコット「バークマー」を
盗（ぬす）んだ犯人にされ、停学（てい・がく）になってしまったという。
暗号クラブは、真犯人（しん・はん・にん）をつきとめるため、調査を開始する！
ところが、次の事件（じ・けん）が起こってしまい──!?
エム・イーが一目ぼれする新キャラも登場！